重要事項説明書と賃貸借契約書の重みの違いは？

賃貸借契約証書内の
・重要事項説明書
・賃貸借契約書

この二つに違いがあったときにはどちらが優先されるのでしょうか
更新の時期なのですが更新料が2年前より多いと思って調べると
重要事項説明書には今まで無かった更新事務手数料21000円が新たに記載されてました
管理会社にメールでたずねたところ、説明を割愛する承諾書付きでコピーが送られてきました
確かにこちらの捺印済みです、気が付かなかったミスでした

しかし、賃貸借契約書には更新事務手数料の表記がありません
次回分であるH21〜23年分の方にはしっかり記載されているのにです

ここの不備を突いて更新事務手数料の支払いを拒否したいのですが優先順位が説明書に傾くならどうしようもなくなります。どうか助言をお願いします。
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重要事項説明書は新規に賃貸入居の場合などで説明されるもので、通常更新時に新規に発行されることはありません。テ続きなどをみるとどうも胡散臭さが感じられます。（最近宅建業法の法律が変わって手続き変更とも聞いてません）

また契約は賃貸借契約書が優先されますので、通常重要事項説明書には契約書を超える意義はないと判断されます。

もし依頼人が内容や手続きに疑問を感じるのであれば、各都道府県に宅建業協会がありますので、そこの相談窓口で確認されるといいでしょう。

また行政にも県庁などに宅建業の監督部署があります。そういうところでメールなどで問い合わせるという手もあります。（宅建業者に悪質な違反などがあれば業務停止等の権限を持ちます）

そういうところの見解をさりげなく管理会社に伝えて上手に交渉してみてください。違反などの後ろめたい行為があれば譲歩してくるはずです。
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なるほど参考になります

そしてもう一つ、次回分H21〜23年分の賃貸借契約証書に
表記されている更新事務手数料についての支払いを拒否するには
何か明確に納得させるような理由付けが必要なんでしょうか？
ただ拒否するのでは管理会社に喧嘩をふっかけるようで
収拾が付かなくなりそうで不安です

この件についての助言もどうかお願いします
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まず「契約書に更新事務手数料の言及がない」と主張、賃借人に更新料の支払い義務はないと回答してみてください。

>ただ拒否するのでは管理会社に喧嘩をふっかけるよ
>うで収拾が付かなくなりそうで不安です

これは正当な主張で、喧嘩でもなんでもありません。民主国家で賃借人の権利の主張を展開するのに何ら遠慮は無用かと思います。管理会社の言いなりになっているとたいてい損をしますので、疑問に思ったことは正当に主張したほうがよいと考えます。

これで向こうが断念すればよし。
もしこれに対して反論してきたらどのように回答してきたか教えてください。
（このやりとりは電話ではなく、Ｅーメールで証拠残すことをおすすめします）

以上宜しくお願いいたします。
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回答の手紙が届きました、全文ままに書きます

「重要事項説明書」に記載された内容すべてが、契約書に重複して記載されていなければならないと言う指導はございません。
特に重要な事項を、「重要事項説明書」に記載しておりますので、契約書の「更新料」の欄に記載が無いことと、「更新事務手数料」がかからないこととは別となります。
「更新事務手数料」は、認められている手数料です。
前回、うきょ様が契約内容をご確認いただいた上で、ご署名・更新手続きをしていただいている書面はご送付いたしました。
また、特例でうきょ様のみ、内容を変更することは出来ません。
何卒、ご理解の上後了承いただけますようお願い申し上げます。

以上です、どうも認められている手数料だから文句言わず払えと言われてる感じがします
譲歩とかは端から考えてないみたいですね
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更新料についてはいろいろ考え方がありますが、法律の上で特に規定されているわけではありません。

>うきょ様が契約内容をご確認いただいた上で、ご署
>名・更新手続きをしていただいている書面はご送
>付いたしました。

と普通は正当性を主張します。

そこで依頼人居住の都道府県宅建業監督指導課（業者の監督官庁）、宅建協会に、今回のケースで見解確認することをおすすめします。（e-メールまたはＴＥＬ）

「契約書に更新料支払い記載がない」（重要事項には記載があるが、依頼人は充分説明を受けていないとを伝えること）ことでこの場合更新料の支払い義務はないと考えるがいかが？
監督官庁、宅建協会の公式見解を教えてほしい・・・と。（この見解あとで教えてください。）

この見解をもって管理会社に反論するといいでしょう。
監督官庁、宅建協会の名前だして正式見解がでてきたら矛を収めるでしょう。
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宅建協会に電話して相談してみました
「承諾書」にサインしている以上、「重要事項説明書」通りに支払わなくてはならない
「賃貸借契約書」に記載が無くとも賃借人に支払い義務が生じてしまうとの事でした

ついでに送った値下げ依頼のメールもすげなく却下されましたので引越しの線も考えたいと思います。